Validação e implementação do painel Precision ID GlobalFiler NGS STR v2 em amostras forenses

Abstract

O Serviço de Genética e Biologia Forenses do Instituto Nacional de Medicina Legal e Ciências Forenses, I.P. da Delegação do Centro (Coimbra) pretende implementar a metodologia de NGS (Next Generation Sequencing) aplicada a STRs(Short Tandem Repeats) autossómicos. Com esse propósito será realizado um estudo para validação do painel Precision ID GlobalFilerTM NGS STR panel v2 da AppliedBiosystems ThermoFisher Scientific, com recurso aos equipamentos HID Ion ChefTM e Ion S5TM System. Este método, tendo por base a tecnologia NGS, permite uma análise mais aprofundada de amostras biológicas, em comparação com os resultados obtidos através da metodologia por EC (Eletroforese Capilar). Esta tecnologia permite realizar a sequenciação de um elevado número de fragmentos de ADN por amostra, levando àdeterminação de um maior número de alelos por marcador genético, não detetáveis através da metodologia atualmente implementada (EC).Antes de realizar a implementação de novas técnicas na rotina diária de um laboratório é necessário testar e validar o novo método. Neste projeto de dissertação, com o intuito de implementar a metodologia de NGS na rotina laboratorial, serão selecionadas várias amostras de processos criminais e de processos de parentesco, previamente analisadas pela metodologia de EC, pretendendo-se avaliar o potencial desta nova metodologia através do aumento do poder de discriminação que apresenta.Foram seguidas as recomendações da casa comercial para a utilização deste painel e, através dos resultados obtidos e realizando a sua comparação com os resultados previamente obtidos em EC, foi possível concluir que o painel de GlobalFiler para NGS traz algumas vantagens em relação ao painel de GlobalFiler para EC. No entanto, antes da sua implementação, deverão ser realizados mais alguns estudos, nomeadamente a determinação do limiar analítico, para poder utilizar o painel de GlobalFiler para NGS na rotina laboratorial.

The Service of Genetics and Forensic Biology of the National Institute of Legal Medicine and Forensic Sciences, I.P. of the Center Delegation (Coimbra) intends to implement the NGS (Next Generation Sequencing) methodology applied to autosomal STRs (Short Tandem Repeats). For this purpose, a study will be carried out to validate the Precision ID GlobalFilerTM NGS STR panel v2 from Applied Biosystems ThermoFisher Scientific, using the equipment HID Ion ChefTM and the sequencer Ion S5TM System. This method, based on NGS technology, allows a more in-depth analysis of biological samples, compared to the results obtained through the EC (Capillary Electrophoresis) methodology. This technology allows the sequencing of a large number of DNA fragments per sample, leading to the determination of a greater number of alleles per genetic marker, not detectable through the currently implemented methodology (EC).Before implementing new techniques in the daily routine of a laboratory, it is necessary to test and validate the new method. In this dissertation project, in order to implement the NGS methodology in the laboratory routine, several samples of criminal cases and kinship processes will be selected, previously analyzed by the EC methodology, aiming to evaluate the potential of this new methodology by increasing the power of discrimination it presents. The recommendations of the commercial house were followed for the use of this panel and, through the results obtained and comparing them with the results previously obtained in EC, it was possible to conclude that the GlobalFiler panel for NGS brings some advantages over the GlobalFiler panel for EC.However, before its implementation, some more studies should be carried out, namely the determination of the analytical threshold, in order to be able to use the GlobalFiler panel for NGS in the laboratory routine.