Genomic Profiling of Head and Neck Carcinoma for the determination of different predictors of survival rates - In silico analysis

Abstract

O Cancro da Cabeça e Pescoço (CCP) refere-se a um grupo de doenças biologicamente semelhantes que aparecem no trato aerodigestivo superior. Aproximadamente 95% destes cancros são Carcinomas de Células Escamosas (CCE). Carcinomas Epidermoides da Cabeça e Pescoço (CECP) apresentam fenótipos extremamente malignos, muitas vezes com invasão de tecidos circundantes e metástases à distância, com uma taxa de sobrevivência a cinco anos de 50%. A deteção destes tumores em estádios iniciais e a identificação de características associadas com a previsão da evolução clínica, permanecem questões difíceis na prática clínica. Assim, o objetivo deste estudo foi a caracterização do perfil genómico de CECP usando dados relativos ao número de cópias do The Cancer Genome Atlas (TCGA) contendo informações detalhadas sobre 528 pacientes, a fim de contribuir para o desenvolvimento de soluções clínicas, em última análise, procurando reduzir o número de mortes causadas por esse tipo de cancro. Este estudo identificou um conjunto de alterações genómicas consistentes com as modificações descritas na literatura como estando associadas a CECP. Os cromossomas 3, 5, 8, 9 e 11 foram os que registaram alterações no número de cópias num maior número de pacientes. Em particular, as regiões mais frequentemente amplificadas localizam-se em 8q24.21, 3q22.23, 5p15.33 e 11q13.3 e as regiões mais deletadas localizam-se em 3p21.2, 9p21.3, 8p22.3 e 11q23.2. Usando o algoritmo de clustering, k-means, dois grupos distintos de pacientes foram obtidos por cromossoma, no entanto nenhum mecanismo subjacente para as atribuições de cluster foi descoberto. Foram identificados alguns genes com a possibilidade de serem biomarcadores para o prognóstico. Descobriu-se que a deleção do gene APPL1 foi estatisticamente significante para o risco de morte de pacientes com CECP, com 50% dos pacientes que não apresentaram perda do loci de APPL1 sobrevivendo 1046 dias mais do que aqueles que a apresentavam, conferindo ao gene APPL1 a possibilidade de aplicação em contexto clínico . Juntamente com a deleção do APPL1, a deleção do FER, bem como a ausência de amplificação do BCR parecem ser biomarcadores para o pior prognóstico em pacientes com CECP. Genomic Profiling of Head and Neck Carcinoma for the determination of different predictors of survival rates

Palavras-chave: Carcinoma da Cabeça e Pescoço, Carcinoma Epidermóide da Cabeça e Pescoço, Alteração do Número de Cópias, The Cancer Genome Atlas, Clustering, Biomarcador