Cytogenetics and Genomics analysis in prenatal and postnatal diagnosis

Abstract

This report encompasses several projects carried out at the Genetics Service of the Faculty of Medicine, University of Porto. It addresses the various methodologies of conventional and molecular cytogenetics in prenatal and postnatal diagnosis. In addition, two retrospective studies were carried out, an evaluation of a series of products of abortion and a study to re-evaluate the classification of VUS (Variants of Uncertain Significance).The project involved the analysis of a products of conception database aimed to organise the data, providing an overview of the diagnostic approach over the past 19 years and comparing the results with existing literature. The etiology of sporadic or recurrent pregnancy loss is multifunctional, and genetic causes can be investigated through conventional cytogenetics and molecular genetics techniques. The selection of the appropriate technique for this study is critical, as these methods have limitations and can be complementary. Similar to existing literature, the study revealed specific issues associated with standard techniques used to process products of conception samples. The study demonstrated a non-response rate of 29%. It is imperative to improve sample quality by reducing the time between collection and processing to enhance the diagnostic rate for the received samples. Furthermore, emphasising maternal blood submission is essential for excluding maternal contamination.The second project's primary objective was to reanalyse VUS, which the institution had been classifying for over 10 years. The VUS were selected from a database containing 3244 instances, identified in 3166 patients, with the criterion of being present in 2 or more cases. Out of the 440 selected VUS, 69 were reclassified as benign/probably benign, and 1 was reclassified as probably pathogenic based on platforms such as OMIM and DGV. This study underscored the significance of continuous database updates, as new information is frequently discovered, and the importance of uniform decision-making within the institution to enhance diagnostic accuracy.

Este relatório integra vários trabalhos realizados no Serviço de Genética da Faculdade de Medicina da Universidade do Porto. São abordadas as diferentes metodologias realizadas de citogenética convencional e molecular em contexto de diagnóstico pré e pós-natal. Adicionalmente, realizaram-se dois estudos retrospetivos, uma avaliação de uma série de produtos de abortamento e um estudo de reavaliação da classificação de VUS (Variants of Uncertain Significance; variantes de significado incerto). O projeto de análise de uma base de dados de produtos de abortamento teve como objetivo organizar a base de dados, dando uma perspetiva da forma como o diagnóstico foi feito durante os últimos 19 anos e comparar os resultados com a literatura. A etiologia da perda de gravidez esporádica ou recorrente é multifuncional e as causas genéticas podem ser estudadas com base nas técnicas de citogenética convencional e genética molecular. Uma boa seleção da técnica para fazer este estudo é essencial, já que as técnicas apresentam limitações e podem ser complementares. Foi demonstrado que, tal como na literatura há alguns problemas associados às técnicas executadas como standard aquando do processamento de uma amostra de produto de abortamento. O estudo apresentou um nível de não resposta de 29%. Para melhorar este índice de diagnósticos dados por número de amostra que chega ao laboratório é necessário aumentar a qualidade da amostra, por exemplo encurtando o tempo entre a recolha e o processamento, e é necessário enfatizar que o envio de sangue materno é crucial para garantir a exclusão da contaminação materna. O segundo projeto teve como principal objetivo conduzir uma reanálise às VUS que tinham sido classificadas pela instituição ao longo de 10 anos. As VUS foram selecionadas a partir de base de dados com 3244 VUS, identificadas em 3166 pacientes, com o critério de estar presente em 2 ou mais destes. 440 VUS foram selecionadas, de onde 69 foram reclassificadas como benignas/ provavelmente benignas e uma foi reclassificada como provavelmente patogénica, segundo plataformas como OMIM e DGV. Este estudo realçou a importância da atualização constante das bases de dados, já que novas informações são descobertas frequentemente, e uniformização de decisões dentro da própria instituição para melhorar a precisão do diagnóstico.