Estudo de compatibilidade química de um kit de extração: casework direct kit, promega

Abstract

O perfil genético de cada indivíduo pode ser obtido através do estudo de vários marcadores polimórficos presentes no ADN nuclear, nomeadamente os STRs. Em Genética Forense, diferentes amostras podem ter diferentes quantidades de ADN, fator que poderá comprometer a obtenção dos respetivos perfis genéticos. Desta forma, é imperativo extrair a máxima quantidade de ADN possível presente na amostra através de uma metodologia de extração. Esta etapa permite expor o ADN que é o alvo principal das metodologias de biologia molecular subsequentes e neutralizar substâncias que destabilizam as mesmas, como inibidores da PCR.Com este trabalho, pretendeu-se descrever os procedimentos e parâmetros utilizados para compatibilizar o kit de extração Casework Direct (Promega), com as metodologias já existentes na rotina laboratorial do Serviço de Genética e Biologia Forenses da delegação do Centro do Instituto Nacional de Medicina Legal e Ciências Forenses, para posterior validação e implementação.O kit de extração Casework Direct foi desenvolvido para extrair ADN de amostras em contexto crime rapidamente, neutralizando inibidores sem necessidade de partículas magnéticas e sucessivas lavagens.O estudo envolveu, com recurso a amostras de sangue em diversos tipos de suportes, verificar e analisar parâmetros qualitativos e quantitativos como a compatibilidade química entre a solução tampão do kit Casework Direct e outras soluções já utilizadas no SGBF-C como, kit Quantifiler® Trio DNA Quantification, kit PowerPlex® Fusion 6C System, kit Prepfiler Express™ e SERATEC® HemDirect, bem como, o desempenho deste novo método de extração através da quantificação por Quantifiler® Trio DNA Quantification e obtenção de perfis equilibrados com kit PowerPlex® Fusion 6C System. Finalmente, testou-se que influência tem um teste de identificação da natureza da amostra biológica na quantificação quando se parte num fluxo único de trabalho a partir do mesmo corte.Este estudo permitiu verificar a compatibilidade do kit de extração Casework Direct com as diversas metodologias em vigor no SGBF-C, no entanto as suas vantagens e limitações devem ser exploradas, de modo, a serem estabilizadas e avançar para uma validação do método.

The genetic profile of each individual can be obtained by studying several polymorphic markers present in nuclear DNA, namely the STRs. In Forensic Genetics, different samples may have different amounts of DNA, a factor that may compromise the achievement of the respective genetic profiles. Thus, it is imperative to extract the maximum possible amount of DNA present in the sample through an extraction methodology. This step allows exposing the DNA that is the main target of subsequent molecular biology methodologies and neutralizing substances that destabilize them, such as PCR inhibitors.With this work, it was intended to describe the procedures and parameters used to make the Casework Direct (Promega) extraction kit compatible with the existing methodologies in the laboratory routine of the Forensic Genetics and Biology Service of the Center's delegation of the Institute National Forensic Medicine and Forensic Sciences , for later validation and implementation.The extraction kit Casework Direct was developed to extract DNA from samples in a crime context quickly, neutralizing inhibitors without the need for magnetic particles and successive washes.The study involved, using blood samples in different types of sources, checking and analyzing qualitative and quantitative parameters such as chemical compatibility between the buffer solution of the Casework Direct Kit and other solutions already used in the SGBF-C, such as the Quantifiler® Trio DNA Quantification kit , PowerPlex® Fusion 6C System kit, Prepfiler Express™ kit and SERATEC® HemDirect, as well as, the performance of this new extraction method through Quantifiler® Trio DNA Quantification quantification and obtaining balanced profiles with the PowerPlex® Fusion 6C System kit. Finally, it was tested what influence a test of identification of the nature of the biological sample has on quantification when it starts in a single workflow from the same cut.This study allowed to verify the compatibility of the extraction kit Casework Direct with the different methodologies in force in the SGBF-C, however its advantages and limitations must be explored, in order to be stabilized and proceed with a validation of the method.