Accelerating Digitisation of Biological Collections for Fast Ecological Information Retrieval

Abstract

Herbários são colecções biológicas de plantas, algas, fungos e líquenes preservados para fins científicos. A troca de informação e uma rápida comunicação são fundamentais para acelerar a investigação em biodiversidade. Os principais herbários do mundo estão a concentrar esforços para digitalizar as suas colecções e tornar disponível a informação online.Ao longo da última década, o Herbário da Universidade de Coimbra (COI – acrónimo no Index Herbariorum) tem envidado esforços para disponibilizar online a informação da sua colecção de plantas que totaliza cerca de 800.000 exemplares. Contudo, apenas cerca de 10% foi processado até à data, em parte devido à morosidade dos métodos geralmente utilizados em herbários. Este trabalho pretende contribuir para acelerar o processo de digitalização, quer pela melhoria do processo de digitalização, quer permitindo aos cidadãos o preenchimento da base de dados. Pretende ainda acelerar a obtenção de informação com valor ecológico a partir da base de dados.Para conseguir isso, um novo fluxo de trabalho foi desenvolvido de modo a criar registos na base de dados de forma automática a partir de lotes de imagens digitais, foi desenvolvido um novo catálogo online, e foi criada uma plataforma colaborativa para permitir, em ambiente web, a transcrição das etiquetas de herbário com base nas imagens digitais.Demonstra-se que este trabalho fornece um aumento substancial na quantidade de exemplares digitalizados, e reduz o tempo necessário à obtenção de informação de modo a que possa ser usada não apenas por cientistas, mas também por decisores, outras partes interessadas e público em geral.Apesar de colateral, há ainda uma vantagem considerável e única neste projecto. A aplicação colaborativa pode ser usada como uma ferramenta para fazer correcções ao Catálogo directamente online e de uma forma fácil. Isto melhora de uma forma rápida a base de dados, uma vez que este procedimento fácil potencia este tipo de contribuições.

Herbaria are biological collections of preserved plants, algae, fungi and lichens used for scientific purposes. Fast communication and information exchange are fundamental to accelerate the investigation on biodiversity. The major world herbaria are concentrating efforts to digitise their collections and making available the information online.Over the last decade, the Herbarium of the University of Coimbra (COI – acronym in Index Herbariorum) has made efforts to make available online the information of its plant collection of c. 800.000 specimens. However, only c. 10% is processed to this date, in part due to the slowness of the methods generally used in herbaria. This work aims to contribute to accelerate the digitising process, both by improving digitising procedures and allowing citizen partnership to populate COI database. It also aims to accelerate information retrieval with ecological value from database.To accomplish that, a new workflow was developed to automatically create records in the database from batches of digital images, a new user-friendly online catalogue was developed, and a collaborative platform was developed to allow transcription of specimen labels based on digital images in a web environment.It is demonstrated that this work provides a substantial increase in the amount of digitised specimens, and also reduces the time to retrieve precise information in a way that can be used not only by scientists, but also by decision makers, stake holders and public in general.Although collateral, there is a major, and unique, advantage to this project. The Collaborative application can be used as a tool to make corrections to the Catalogue, easily and directly online. This quickly improves the database as such effortless procedure increases this kind of contributions.