Please use this identifier to cite or link to this item: http://hdl.handle.net/10316/82104
Title: Single Nucleotide Polymorphisms associated with venous thromboembolism - Factor XI, ABO blood group and Fibrinogen loci – Evaluation in a Portuguese population group
Other Titles: POLIMORFISMOS DE NUCLEÓTIDO ÚNICO ASSOCIADOS AO TROMBOEMBOLISMO VENOSO – AVALIAÇÃO DOS LOCI DO FACTOR XI, GRUPO SANGUÍNEO ABO E FIBRINOGÉNIO NUMA POPULAÇÃO PORTUGUESA
Authors: Silva, Catarina Marçal da
Orientador: Ribeiro, Ana Bela Sarmento Antunes Cruz
Manco, Licinio Manuel Mendes
Keywords: Tromboembolismo Venoso; Polimorfismos de nucleótido único; Alelos de Risco; Fibrinogénio; Grupo de Sangue do sistema ABO, Fator XI; Venous Thromboembolism; Single nucleotide polymorphisms; Risk alleles; Fibrinogen; ABO Blood-Group system, Factor XI
Issue Date: 6-Apr-2017
Serial title, monograph or event: Single Nucleotide Polymorphisms associated with venous thromboembolism - Factor XI, ABO blood group and Fibrinogen loci – Evaluation in a Portuguese population group
Place of publication or event: FMUC
Abstract: Introdução: O Tromboembolismo venoso (TEV) é uma doença que resulta da interação de fatores de risco genéticos e adquiridos. Com o desenvolvimento dos Genome wide association studies (GWAS), foi possível demonstrar a associação do TEV com loci de suscetibilidade comuns ou de baixa frequência que podem ajudar a explicar a heritabilidade do TEV. De entre as variantes de risco destacam-se os alelos de risco de três single nucleotide polymorphisms (SNPs), alelo T do ABO rs2519093, alelo C do F11 rs2036914 e alelo T do FGG rs2066865, que nunca foram testadas na população portuguesa. Como tal, este estudo pretende avaliar a frequência dos três alelos de risco nos loci ABO, F11 e FGG e averiguar a associação com o risco de TEV numa amostra populacional Portuguesa.Metodologia: Realizou-se um estudo caso-controlo retrospetivo com 95 casos de TEV sem fatores genéticos ou adquiridos de elevado ou moderado risco (2012-2015) e 132 controlos saudáveis de origem Portuguesa. Os SNP’s F11 rs2036914 e FGG rs2066865 foram genotipados utilizando PCR em tempo real com sondas TaqMan. O SNP ABO rs2519093 foi genotipado por restriction fragment length polymorphism (RFLP) recorrendo à enzima de restrição DdeI. Foram estimadas as frequências alélicas, avaliada a conformidade com o equilíbrio Hardy-Weinberg e testada a associação entre os loci em estudo e o risco de TEV por regressão logística através do cálculo do OR (odds ratio), intervalos de confiança (IC) de 95% e valores de p, recorrendo ao software PLINK. A associação entre o número cumulativo de alelos de risco e o risco para TEV foi calculado através do teste de χ2 de Pearson utilizando o programa Simple Interactive Statistical Analysis (SISA).Resultados: Na população estudada, as frequências alélicas estimadas do alelo de risco foram: 0,194 para FGG rs2066865 (alelo T), 0,63 para o F11 rs2036914 (alelo C) e 0,302 para ABO rs2519093 (alelo T). O teste de regressão logística no modelo aditivo mostrou que o polimorfismo FGG rs2066865 se encontra associado ao risco de TEV (nominal p=0,02; OR=1,71, IC 95% 1,08-2,69) e o polimorfismo ABO rs2519093 aproximou-se de níveis marginais de significância estatística (nominal p=0,087 ajustado à idade e sexo, OR=1,42, IC 95% 0,93-2,16) para TEV. O loci F11 rs2036914 não mostrou associação estatisticamente significativa ao risco de TEV (p=0,64). Observou-se igualmente um aumento do risco para TEV associado a um número cumulativo de alelos de risco (0 vs. 2 ou mais alelos de risco: χ2=5,50, p=0,019, OR=2,31).Conclusões: Os resultados obtidos sugerem que o alelo de risco T do SNP FGG rs2066865 e do ABO rs2519093 contribuem para o risco de TEV nesta amostra da população Portuguesa, individual e cumulativamente.
Background: Venous Thromboembolism (VTE) is a disease resulting from the interactions of inherited and non-inherited risk factors. Genome wide association studies (GWAS) enable the association between VTE and common or low-frequency susceptibility loci, which can explain the heritability of VTE. From the risk variants, there are three single nucleotide polymorphisms (SNP) ABO rs2519093 (allele T), F11 rs2036914 (allele C) and FGG rs2066865 (allele T) that have not yet been assessed in the Portuguese population. Therefore, we intend to evaluate the frequency of these three risk alleles and to assess the association between risk alleles in the ABO, F11, FGG loci and the risk of VTE.Materials and Methods: A retrospective case-control study was conducted with 95 cases of VTE without strong or moderate inherited or non-inherited predisposing factors (2012-2015) and 132 healthy controls of Portuguese origin. F11 rs2036914 and FGG rs2066865 SNP’s were genotyped by real-time PCR with TaqMan probes. ABO rs2519093 SNP was genotyped by restriction fragment length polymorphism (RFLP) with DdeI restriction enzyme. PLINK software was used to determine the allelic frequencies, concordance with Hardy Weinberg equilibrium and association between risk alleles and VTE through logistic regression estimating OR with 95% confidence intervals (95% CI) and p-values. The association between the cumulative number of risk alleles and the risk of VTE was assess through Pearson χ2 using the Simple Interactive Statistical Analysis software (SISA).Results: In the analyzed population, the estimated risk allele frequencies were: 0.194 for FGG rs2066865 (allele T), 0.63 for F11 rs2036914 (allele C) and 0.302 for ABO rs2519093 (allele T). The logistic regression under an additive model showed that FGG rs2066865 was associated with VTE (nominal p=0.02; OR=1.71, CI 95% 1.08-2.69) and ABO rs2519093 attained near marginal significance in the association with VTE (nominal p=0.087 adjusted for age and sex; OR=1.42, IC 95% 0.93-2.16). F11 rs2036914 never reach statistical significant association with VTE p=0.64). In addition, there was an increased risk of VTE associated with the increment in the total number of risk alleles (0 vs. 2 or more risk alleles: χ2=5.50, p=0.019, OR=2.31).Conclusion: The obtained results suggest that the risk allele T of FGG rs2066865 and ABO rs2519093 SNPs contribute to the VTE risk (individually and additively) in this Portuguese population sample.
Description: Trabalho de Projeto do Mestrado Integrado em Medicina apresentado à Faculdade de Medicina
URI: http://hdl.handle.net/10316/82104
Rights: embargoedAccess
Appears in Collections:UC - Dissertações de Mestrado

Files in This Item:
File Description SizeFormat
TESE FINAL MESTRADO_Catarina Silva_estudante2011189367.pdf746.54 kBAdobe PDFView/Open
Show full item record

Page view(s) 50

440
checked on Nov 21, 2022

Download(s) 50

459
checked on Nov 21, 2022

Google ScholarTM

Check


This item is licensed under a Creative Commons License Creative Commons